A construção da Basílica é resultado de uma promessa do bispo D. Lafayette Libânio durante a Revolução de 1932. A promessa feita à Nossa Senhora Aparecida pediu para que, no caso de uma invasão das forças federais em São José do Rio Preto, não houvesse violência nem mortes na cidade. De fato, houve a invasão na manhã de 28 de setembro e, excetuando pequenas escaramuças, não houve mortes. Apenas o delegado Nelson da Veiga ficou ferido ao levar um tiro acidental, além de perseguição aos líderes revolucionários, entre eles o próprio D. Lafayette, que era mineiro de Pouso Alegre.
Cumprindo a promessa feita, D. Lafayette cumpriu a promessa em 11 de maio de 1933, criando a Paróquia de Nossa Senhora Aparecida e chamou os freis Franciscanos para construir a igreja na Boa Vista, em terreno doado por Casemiro da Silveira, descendente do fundador Luiz Antonio da Silveira. A pedra fundamental foi lançada em 1937, as obras foram iniciadas em 28 de junho de 1938, sob a responsabilidade do construtor Jesus Vilanova Vidal e coordenação do frei Paulo Luig, que contou com o auxílio dos freis Baltazar Wix, Valério Kirsch e Pacífico Wagner.
A celebração da primeira missa aconteceu em 31 de maio de 1940, pelo arcebispo de São Paulo, D. José Gaspar de Affonseca e Silva. Em 7 de setembro de 1943, foi feita a consagração solene do Santuário e, em julho de 1954, o papa Pio XII elevou o Santuário de Nossa Senhora Aparecida à categoria de Basílica Menor e, em 19 de setembro de 1954, D. Lafayette a capela do Santíssimo, agradecendo o esforço do frei Remberto Lessing. A Basílica foi oficialmente inaugurada em 12 de dezembro de 1954, com a presença do superior da Ordem Franciscana, frei Heliodoro.
O primeiro pároco foi o padre Salomão Vieira, nascido em Vilar de Besteiros, no conselho de Tondela, distrito de Viseu, em Portugal. Ele ficou pouco tempo à frente da paróquia, pois foi vítima de tuberculose e morreu em Campos de Jordão, onde foi sepultado, em 16 de outubro de 1933, aos 51 anos. Depois veio o padre redentorista Rodrigo Bayon García, sendo substituído pelo frei Afonso Maria Junges, iniciando o trabalho dos franciscanos à frente da Basílica.
Os sinos alemães automáticos da Basílica foram instalados pelo frei Firmato Rebein e são considerados uma relíquia. O seu órgão de tubos também é considerado uma raridade. O anfiteatro da Basílica foi palco da realização da primeira edição do Festival Nacional de Teatro Amador, de 6 a 17 de julho de 1969. Em 2007, em uma iniciativa do jornalista Milton Rodrigues, o jornal Diário da Região fez uma ampla votação para escolher as 7 Maravilhas da cidade e a Basílica foi eleita em primeiro lugar com 5.172 votos.
Seu pároco atual é Aparecido Torrente, nascido em Monções, em 27 de outubro de 1947.
