A primeira Igreja Evangélica a instalar-se em São José do Rio Preto foi a 1ª Igreja Presbiteriana Independente, em 14 de outubro de 1906, construindo seu templo em terreno doado pelo capitão Lúcio Caetano, na rua Antônio Olympio, atual Voluntários de São Paulo, ao lado do Cemitério dos Protestantes, desativado em 1900.
Apesar de sua história remontar a 1890, com Eduardo Ferreira Rocha e os primeiros evangélicos a visitarem a região, a organização oficial aconteceu em 1906, com Vicente do Rego Themudo Lessa, João Francisco Garcia, Manoel Tertuliano, Antônio Saturnino de Abreu, Gabriel Barnabé das Fontes e Manuel Ferreira Neves que foram escolhidos pela comunidade.
Seus pastores:
Vicente do Rego Themudo Lessa
Caetano Nogueira Júnior
Benedito Ferraz de Campos
Francisco Ferreira Júnior
Thomaz Pinheiro Guimarães
Ceciliano José Eneas
Alfredo Alípio do Vale
Paulo Rabelo Teixeira
Rafael Pages Camacho
Tércio Morais Pereira
Silas Dias
Rubens Cintra Damião
Jorge do Amaral Pinto
Camilo Fernandes Costa
Eduardo Galasso Faria
Mário Ademar Fava
Mathias Quintela de Souza
Raul Hamilton de Souza
Osmar Menezes Pires
Mário Sérgio de Góis está à frente da IPI desde junho de 2000.
