É possível dizer que a fundação de Nova Aliança é o resultado do esforço de quatro povoados tentando se tornar uma cidade com autonomia político-administrativa. Começou com São Sebastião da Fartura, mais conhecida como Itapyrema, que surgiu do lado direito do ribeirão da Fartura (afluente do rio Tietê). Depois, surgiu Santo Antonio do Monte Belo no lado direito do ribeirão Borá (afluente do rio do Cubatão). Itapyrema surgiu no final do século 19 e Monte Belo nos primeiros anos do século 20. Ambos foram duramente castigados por sucessivas epidemias de malária que, quando não mataram, expulsaram a maior parte de seus habitantes.
Os habitantes de Itapyrema e Monte Belo optarem por buscar refúgio no novo povoado que surgiu no espigão dos ribeirões Borá e Fartura, a seis sete quilômetros em, direção a Rio Preto, qual se deu o nome de Nova Itapirema, em homenagem àquela que fora abandonada, na margem do ribeirão da Fartura, por volta de 1920.
Porém, mais ou menos na mesma época, um grupo de migrantes e imigrantes, formado por Zéffiro Gottardi, Luiz Guilhermetti, Gaspare Traldi (os três nascidos na Itália) e Jorge Galvão, resolveu fundar outro vilarejo, a 8 quilômetros de Nova Itapirema, também em direção a Rio Preto. Segundo o site do IBGE, Nova Aliança teria sido fundada em 1910; mas o site oficial da Prefeitura informa que foi em 1920. O certo, porém, é que logo foram chegando mais habitantes e logo o povoado se destacou, inclusive com médicos, como Lino Braile e João Sperandéo.
