São Sebastião é o santo padroeiro escolhido pelo pelos primeiros moradores do povoado de Borboleta, que surgiu a partir de 13 de fevereiro de 1914, dia em que Antonio Manoel da Silva e sua esposa, Maria Cândida de Jesus, fizeram a doação do terreno para a formação do patrimônio. Como era de praxe, a urbanização teve inicio em torno da pequena capela de madeira que que os moradores das redondezas construíram para abrigar a imagem de São Sebastião. Essa capela foi substituída nos meados da década de 1920, foi construída uma capela maior, feita de alvenaria.
De 29 de maio a 4 de junho de 1925, os padres Plácido Neblicht e Vieira da Silva, estiveram em Borboleta em missão, quanto realizaram 35 primeiras comunhão de crianças, 450 comunhões de adultos, 375 confissões, 10 batismos, 10 sermões, três aulas de catecismo e dois casamentos. Fecharam as missões com uma missa defronte ao cruzeiro, após procissão, que reuniu mais de mil fiéis.
Em 18 de dezembro de 1949, o bispo D. Lafayette Libanio elevou a capela a condição de paróquia e vários padres passaram pela administração, dentre eles, o padre José da Conceição Preza, português de Viana do Castelo, que veio para o Brasil em 1975 e faleceu em Rio Preto, aos 93 anos, em 20 de outubro de 2015. Ele foi pároco em Bady Bassitt e da capela Nossa Senhora do Carmo, na Vila Azul.
A Igreja de São Sebastião tem um valor cultural muito grande para a cidade, sendo um importante centro de referência para os visitantes. Toda a pintura e afrescos nas paredes internas da matriz, com cenas dos sacramentos, litúrgicas e referentes à tradição da igreja, foram restauradas pelo artista especializado em artes sacras, Mário Caviquio Neto, em 2011, após uma campanha bem sucedida levada a efeito pelo padre Alexandre, incluindo a restauração do relógio, que toca os sinos nas horas certas: ou seja, uma tradição da cidade.
A paróquia tem capelas urbanas e quatro rurais: Sagrado Coração de Jesus e Sagrados Coração de Maria, na Cohab 3; Nossa Senhora do Rosário, com missas na Chácara do Congregado Mariano, no Jardim Tropical, s/nº; Nossa Senhora Aparecida, avenida Manoel de Freitas Assunção Filho, s/nº, no bairro Nova Bady; Santos Reis, no Borá; Comunidade Água Limpa, no Sítio São Luiz; Comunidade San Fernando Valley e Sagrada Família, na Estância Catelani.
Também funcionam as Pastorais do Batismo, Catequese, Crisma, Acólitos e Coroinhas, dos Noivos, do Dízimo, e a Pessoa Idosa. Os movimentos da paroquia são o Apostolado a Oração, Encontro de Mães com Cristo, Legião de Maria, Equipes de Nossa Senhora, Jovens Unidos Sant’Ana – JUSA, Marianinhos, Marianos, Grupo de Jovens Ruah, e o Movimento Sacerdotal Mariano.
Desde 20 de fevereiro de 2009, o pároco é o padre Alexandre José Marques de Andrade, ordenado presbítero em 2 de janeiro de 2003.
